CATI BIOS4Biol 

BIOinformatique et Statistique pour la Biologie.

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Qui sommes nous?

Présentation générale

Le CATI est un collectif de bioinformaticiens/statisticiens travaillant autour des données « omiques ».

Responsables:

Luc Jouneau: IR biostatisticien VIM et Breed (Jouy-en-Josas)

Géraldine Pascal: IR bioinformatique unité GenPhySE (Toulouse)

Départements pilotes et responsables scientifiques du CATI:

MathNum: Christine Gaspin (DR, CD adjointe)

GA: Christelle Robert Granier (DR, CD adjointe)

 

Missions principales/services rendus

Développer et mettre à disposition les moyens nécessaires à l’accompagnement des projets de biologie mobilisant les technologies d’exploration des données « omics ».

Accompagner les biologistes dans la mutation de leur métier en leur apportant des modules de formation, d’auto-formation et des environnements de travail adaptés.

Participer à des projets de recherche pluridisciplinaires en partenariat avec des équipes de biologie ou de bioinformatique/biostatistique dans lesquels les compétences métiers du CATI en informatique, bioinformatique et biostatistique sont sollicitées.

Fédérer un collectif de bioinformaticiens, biostatisticiens et informaticiens afin de construire et produire ensemble et monter en compétences d’ingénieries.

Infrastructures d’appui

Exemples de logiciels issus du CATI

  • FROGS: logiciel d’analyse métabarcoding avec interfaçage Galaxy
  • metagWGS: pipeline Nextflow d’analyse de métagénomes
  • GenomeOrder : pipeline Nextflow permettant la production rapide de fichiers de visualisation pour l’outil en ligne Dgenie, mais également le scaffolding d’assemblages par rapport à une référence ou encore le zoom sur certains chromosomes d’intérêt dans différents assemblages
  • MINTIA: L’outil d’analyse de clone de métagénomique fonctionnelle

Fonctionnement interne

  • Visios mensuelles
    • topos méthodos
    • scientifiques
    • externes
    • points organisationnels si besoins
  • Journées annuelles
    • présentations techniques ou scientifiques
    • échanges avec les responsables scientifiques du CATI
    • bilan des productions
    • brainstorming sur ce qu’on a envie / besoin de faire ensemble
    • moments de convivialités pour créer du lien
    • questionnaire bilan
  • Répartition des tâches
    • Claire Hoede (ancienne animatrice) : interCATI
    • LJ: visio mensuelles
    • GP: journées annuelles
    • LJ+GP: institutionnel, projets communs
  • Canaux de communication
    • Une mailing liste
    • Des canaux mattermost (général et par projet)
    • Forge MIA

 

PERSPECTIVES

2024

Réunions mensuelles

  • 14 Janvier : Hugo Chauvet et Christophe Chevalier – Présentation du synchrotron Soleil
  • 6 Février : Aurélien Brionne – Ilôts CpG et génomes d’animaux
  • 5 Mars : Olivier Ridoux (IRISA) – Numérique et sobriété
  • 2 Avril : Jérémy Tournayre – Présentation de la manipulation de graphe avec cytoscape
  • 7 Mai : Laurent Bréhélin – TFScope: Une approche de Machine Learning pour l’analysedes caractéristiques génomiques impliquées dans les préférences de liaison des facteurs de transcription
  • 4 Juin : Arnaud Liehrmann et Guillem Rigaill – Package DiffSegR

Kids Frontiers

  • Article présentant de manière synthétique et pédagogique ce qu’est la bio-informatique et en quoi elle est devenue nécessaire dans de multiples domaines de recherche de la biologie

Mini-symposium « l’IA, impact sur nos métiers » (JOBIM 2024)

  • Espace de discussion explorant les façons dont l’IA transforme leurs pratiques et les recherches à venir
  • Conférences : Interventions de Vincent Guigue et Guillaume Cabanac
  • Réseautage : Occasion d’échanger des idées et de nouer des collaborations.

Préparation

  • Journées annuelles 2024
  • Hackathon 2024

Soumission demande de soutien aux projets à la DIPSO – SAPI 2024

  •  Projet PANANNOT (porteur Ludovic Duvaux – Tester et implémenter des solutions pour produire, décrire et manipuler des graphes de pangénomes et les annotations associées) -> reçu : 5 500 € en 2024 et 11 500 € en 2025 pour les trois workshops
  • Projet SK8 (porteur Elise MAIGNÉ – service d’hébergement d’applications R-Shiny) -> reçu : 3 100€ pour 2024 et 4 100 € pour 2025
  • 4ème Hackathon inter-CATIs Omiques 2023 (cati Omiques) Ateliers: inférence de réseaux en métagénomique, Interopérabilité entre graphes RDF et graphes de Neo4j et workflow de graphes de pangénome -> accepté – financement reçu de 20 000€ – complément de budget par les 5 CATIs

Bilan des productions – 2024

ACTIONS

2023

Réunions mensuelles

  • 17 Janvier : Jérôme Montfort : “FEVER, a tool to explore expression evolution”
  • 03 Février : J.Tournayre – A.Frambourg : “Point site web du CATI”
  • 09 Mars : Sylvain Foissac : “Différence de conformation 3D de la chromatine par comparaison de données Hi-C
  • 18 Avril : Michèle Halstead : “Analyses Cut&Tag et Cut&Run”
  • 12 Mai : Jérémy Tournayre : “Microannot et assemblage d’un génome de microsporidie”
  • 13 Juin : M.Bergevin (Itrium) : “Datacenter – Technique de refroidissement par immersion”
  • 03 Octobre : Jean-Marc Frigerio : “Outil de metabarcoding YapOTU”
  • 07 Novembre : Géraldine Pascal : “Metabarcoding : Utilité des longreads dans l’affiliation taxonomique”
  • 12 Décembre : C.Noirot – P.Bardou – P.Bordron – L.Jouneau : “Développements d’applications web” Halstead Cut&Run

Actions inter-CATI

  • 4ème Hackathon inter-CATI Omiques 2023 qui s’est tenu à Roscoff du 18-21 septembre. 7 participants BIOS4Biol: Vincent Darbot, Claire Hoede, Philippe Bordron, Ludovic Duvaux, Cervin Guyomar, MariaBernard. Financement 100% départements à hauteur de 15 500€. Frais de déplacements des agents du CATI pris en charge par le CATI.
  • Projet CAPIOT (porteur Jean-Marc Frigerio) : Création et animation d’une communauté d’agents de terrain, électroniciens et informaticiens autour des solutions IoT. Financement SAPI reçu (2000€) de trop faible hauteur et la somme perçue a été rendue. L’achat de l’imprimante 3D n’ayant pu se faire pour le moment, ce projet est en pause

Organisation des journées annuelles 26-28 septembre 2022 (en présentiel à Toulouse)

  • Lundi:
    • Accueil + nouveaux arrivants
    • ouverture à de nouveaux pans scientifiques et techniques : Laure Luno CNES – « Le programme Cospas-Sarsat (balises de détresses) et sa mise en œuvre en France »
    • ChatGPT présentation par P. Bardou
    • Présentation des ateliers C. Guyomar « Fête de la science »
  • Mardi:
    • Journée à MétéoFrance
    • Sarah Berthet météoFrance: Modéliser la biogéochimie marine dans un modèle de climat avec PISCES
    • Pierre Amato CNRS – Microbiologie de l’atmosphère – Clermont Ferrand: Bioaérosols : des problématiques aux interfaces disciplinaires – Apports de la bioinformatique et de la météorologie à la compréhension de l’aéromicrobiome
    • Marc Pontaud MétéoFrance: la prévision numérique du temps : des fondements à l’IA
    • Visite du site de MéteoFrance : centre calcul ; centre de prévision ; parc instrumenté
    • restaurant
  • Mercredi matin:
    • bilan des productions de l’année avec les responsables scientifiques du CATI
    • organisation de deux ateliers : IA et rédaction d’une revue dans Kids Frontiers
    • restaurant

    • 31 agents ont participé aux journées.

Avancements projets CATI

  • MultiQC : Sujet de stage déposé mais pas stagiaire. Une seule réunion en 2023. Réflexions pour redynamiser le projet de la part des animateurs (S. Maman, Y. Lippi, C. Hoede)
  • Site web pour le CATI : Principaux acteurs: Jeremy Tournayre, Anne Frambourg et Marie-Stéphane Trottard. Site web en ligne: https://bios4biol.toulouse.inrae.fr/ . Utilisation pour la présentation aux nouveaux arrivants. Difficultés à remplir les fiches agents, peu de retour des membres du CATI
  • Journée Fête de la Science : Cette journée s’est tenue le mardi 10 octobre 2023. Nos ateliers portaient sur rôle du microbiote dans la performance des chevaux d’endurance. Trois ateliers ont été construits, ils étaient dédiés aux collégien.ne.s : 1. Assemblage de séquences 2. Initiation à la programmation 3. Introduction à la biostatistique On a produit des supports partageables et réutilisables. On a recu 2 classes de 3ème. Ont participé à ces journées: Gabryelle Agoutin, Lucas Auer, Cédric Cabau, Vincent Darbot, Cervin Guyomar, Luc Jouneau, Géraldine Pascal, Didier Laborie, Elise Maigné, Sabrina Rodriguez https://www.fetedelascience.fr/decryptage-desbacteries-de-l-intestin-des-chevaux-de-courses-les-metiers-de-la-bioinformatique-et

Bilan des productions CATI 2023

Les productions du CATI se définissent par des productions qui émanent de discussions/idées/relations d’agents au sein du CATI et qui sont des projets menés par plusieurs membres du CATI (une production CATI peut être une production issue d’une plateforme)

  • Pipelines, développements, benchmarking
    • D-Genies: Piste de visualisation supplémentaire sur D-Genies en batch mode. (Philippe Bordron, Christophe Klopp, Bioinfo Genotoul)
    • metagWGS : co-assemblage et assemblage de tous les échantillons ou par lot + amélioration de l’annotation des gènes. Création et intégration de l’outil Binette permettant le merging de bin. (M.Vienne, V.Darbot, J.Mainguy, C.Noirot, G.Pascal, C.Hoede)
    • Pipeline RNASeq: 3 nouvelles méthodes de GSEA (enrichissement) + formation associées d’une journée (initiation à unix + utilisation du pipeline) (Anne Frambourg, Luc Jouneau)
    • Efficace Database: Efficace database est une application web de soumission et consultation de fichier respectant des contraintes prédéfinies (Quentin Boone – Philippe Bardou – Cedric Cabau – Christophe Klopp)
    • FROGS 4.1 : Restructuration d’outils et ajout de nouvelles fonctionnalités – prise en charge longreads intégration de l’inférence fonctionnelle en analyse différentielle – mutation OTU -> ASV (Maria Bernard, Vincent Darbot, Olivier Rué, Lucas Auer, Géraldine Pascal)
    • YapOTU: librairie python pour construire, visualiser et analyser des OTUs en barcoding et métabarcoding (Jean-Marc Frigerio, Alain Franc)
    • Ilots CpG et génomes Animaux: pipeline NextFlow (Aurélien Brionne)
  • Infrastructure, Système et Base de données
    • Passage de Genologin à GenoBioinfo (MS.Trotard, P.Dehais, D.Laborie)
    • Progression du projet SK8 (serveur Shiny) : ~54 demandes d’hébergement depuis l’ouverture du service (~20 ITA INRAE, 10 CATI représentés. Porté par Jean-François Rey (CATI IMOTEP), pour le CATI Bios4Biol : Elise Maigné, Yannick Lippi)
    • 1000G chicken: recherche de variants – adaptation pour un cluster de calcul non adapté à la bioinfo (Philippe Bardou – Mathieu Charles – Christophe Klopp)
    • Projet de GetPlage: Passage de toutes les données de Get-Plage vers GenoBioinfo et passage de NG6 à NGL-BI Evolution LIMS NGL et de JFlow en NextFlow (E.Darnige, C.Kuchly, G.Salin, J.Sabban, C.Noirot, R.Therville)
  • Traitements de données
    Assemblage & annotation de génomes de “poissons “ Production de 7 nouveaux génomes d’Elopomorphes https://dx.doi.org/10.1101/2022.04.07.487469 (Jérôme Montfort, Cédric Cabau, Christophe Klopp)

  • Formations
    • Formations FROGS: 8 pages de tutoriels http://frogs.toulouse.inrae.fr/html/tuto.html + 2 formations de 4 jours (avril et octobre 2023) (L. Auer, V. Darbot, G. Agoutin, G. Pascal)
    • Alignement de lectures courtes et recherche de variants de petite taille ( P. Bardou, C. Cabau)
    • Initiation à l’uniligne perl (P. Bardou, C. Cabau)

Présentations du CATI à d’autres instances

Présentation du CATI à la nouvelle cheffe de département adjointe PHASE Florence Gondret

Préparation des CATI4G

Avril/mai : sondage auprès des agents du CATI

  • Mai: retour auprès des responsables scientifiques du CATI et auprès des membres du CATI
  • Juin: séminaire à Sètes avec la DIPSO
  • Juillet: conclusion par la DIPSO du séminaire de Sète
  • Septembre: Jeudi 7 : réunion Départements et DIPSO – Mardi 12 : visio avec notre tutelle MathNum et GA
  • Décembre: réunion départements, DIPSO, resp CATI.

Documents et calendriers : https://pepi2g.wiki.inrae.fr/doku.php/communaute:catis:catis4g

Bilan des productions – 2023

 

2022

Afficher/Masquer

Réunions mensuelles

  • 25 Janvier : Luc Jouneau : “Présentation iSEE pour l’exploration de données scRNA-Seq”
  • 14 Mars : Valentin Costes : “Méthylome spermatique et prédiction fertilité des taureaux”
  • 14 Avril : Projet d’un site web
  • 20 Mai : Points d’organisation ; Organisation AG ; Projets soumis à la DIPSO
  • 6 Septembre : Luc Jouneau : “Marmite Norvégienne : un exemple low-tech d’économied’énergie”
  • 17 Octobre : Gérald Salin et Elise Maigne : “Bilan émission GES MIAT et plate-formeGénomique”
  • 17 Novembre : Christophe Klopp/Ludovic Duvaux : Etat de l’art Assemblage de génomes
  • 9 Décembre : Michelle Halstead : Séquençage et analyse Cut&Tag (réporté)

Actions inter-CATI

  • Séminaire CATI/PEPI/Pépinière numérique 2 membres participants (Claire Hoede etPhilippe Bordron)
  • Soumission projets à la DIPSO – Demande de soutien à projets innovants et structurants2022
  • Co-construction du 3èmeHackathon inter-CATIs Omiques2022 (Claire Hoede) (financementreçu de 14346€ – complément de budget par les 5 CATIs + soutien prise en charge dutransport par le CATI BIOS4Biol pour les membres du CATI BIOS4Biol)
  • 3èmeHackathon inter-CATI Omiques 2022 qui s’est tenu à Aussois du 5-8 décembre. 8participants (Bordron Philippe; Duvaux Ludovic; Morin emmanuelle; Guyomar Cervin;Mainguy Jean; Darnige Eden; Sabban Jules; Tournayre Jérémy)
  • Projet SK8 : Mise en place d’un service d’hébergement d’applications R-Shiny (Hackathondes acteurs du projet ; rencontres inter-CATIs IUMAN – IMOTEP – Formation Kubernetes)

Organisation des journées annuelles 26-28 septembre 2022 (en présentiel à Toulouse)

  • Lundi :
    • Accueil + nouveaux arrivants○ouverture à de nouveaux pans scientifiques et techniques :
    • Axes de recherche sur les organoïdes – Martin Beaumont (CR –GenPhySE)
    • Analyses de données métabolomiques – Fabien Jourdan (DR – Toxalim)○démo d’une techno de construction de site web (Jeremy Tournayre et ValérieVidal)
  • Mardi: journée cohésion d’équipe sur la thématique de la découverte du patrimoine Toulousain
    • rallye découverte; restaurant; croisière en bateau électrique sur la Garonne;visite à la découverte de la violette sur une péniche dédiée; Soirée à Ma bichesur le Toit
  • Mercredi matin:
    • bilan des productions de l’année avec les responsables scientifiques du CATI
    • Démarrage de la co-construction des pages du site web du CATI
    • restaurant

36 agents ont participé aux journées.

Avancement projets CATI (feuille de route 2021)

omics du Lombric :

  • Des scientifiques ont été contactés pour connaître leurs besoins mais ils n’ont pas donné suitepour l’instant. Sans réponse de leur part -> abandon de cette perspective

Formations GIT

  • Toulouse: co-construit avec Estelle Ancelet de MIAT(28 membres du CATI inscrits)
  • Jouy:En collaboration avec la FP locale, une formation sur 2 jours a eu lieu les 28 et 29 Juin2022 (8 participants).
  • Il n’est pas prévu de refaire une nouvelle session de cette formation en2023

MultiQC:

Données simulées

  • Projet en panne pour l’instant par manque de temps des personnes directement concernées(Equipe FROGS – Géraldine et Maria). Soumission d’un sujet pour un stage tutoré 2023 aumaster bioinfo de Toulouse (pas de nécessité de financement)

Participation du CATI au congrès

ECCB(12-21 septembre2022 à Sitges, Espagne)

7 membres du CATI y ont présenté leur poster (Jean Mainguy, Claire Hoede, Maina Vienne,Vincent Darbot, Paul Terzian, Elisa Maigné et Cervin Guyomar ) :

  • Joanna Fourquet, Maïna Vienne, Jean Mainguy, Vincent Darbot, Pierre Martin, et al..metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads. ECCB2022,Sep 2022, Sitges, Spain.⟨hal-03788263⟩
  • Jean Mainguy, Adrien Castinel, Olivier Bouchez, Sylvie Combes, Carole Iampietro, et al..Strengths and limits of long read metabarcoding. ECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges,Spain.⟨hal-03848228⟩
  • Paul Terzian, Céline Vandecasteele, Christine Gaspin, C et al. Training DeepSignalmodels to call CpG methylation in pig and quail ONT reads. ECCB 2022, Sep 2022,Meliá Sitges, Spain.
  • Cyril Kurylo, Cervin Guyomar, Sarah Djebali and Sylvain Foissac. Improving genomeannotations with RNA-seq data: a scalable and reproducible workflow for TranscriptsAnd Genes Assembly, Deconvolution, Analysis (TAGADA). ECCB 2022, Sep 2022,Meliá Sitges, Spain.https://doi.org/10.7490/f1000research.1119197.1
  • Élise Maigné, Céline Noirot, Jérôme Mariette, et al. ASTERICS: A Tool for theExploRation and Integration of omiCS data. ECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges, Spain.

Avancement projet CATI : construction d’un site web pour le CATI

Principaux acteurs: Jeremy Tournayre et Anne Frambourg.

Objectif: disposer d’un site web pour le CATI pour :

  • que les membres du CATI trouvent :
    • l’ensemble de la documentation interne à un seul endroit (comptes-rendus,enquêtes, présentations, etc),
    • qui a quelles compétences (trombinoscope)
    • un agenda
    • les actualités
    • Autres selon besoins et envies
  • que tous (membres du cati, nouveaux arrivants dans le CATI, responsables fonctionnels des agents, départements, dispo etc.) puissent être informés de ce qu’est le CATI et de ce qu’on y fait.

Techno:

  • Basé sur le framework wordpress (achat licence achat licence du thème Divi ~250 €).
  • Un espace Nextcloud (achat espace de travail, pour l’instant la tarification estsuspendue. Avant la suspension le Terra était à 50€/an (sans réplication). A la reprise dela tarification, ce sera au moins 50€/an pour le Terra.),
  • une boîte aux lettres partagée
  • une machine virtuelle (Marie-Stéphane Trottard, Didier Laborie)Point d’avancement du projet le 3 février 2023 (1 par trimestre)

Bilan des productions CATI 2022

Workflows

PAQMir : analyse et annotation des petits ARNs (A.Frambourg, L.Jouneau)

Analyse de variants RNA-Seq – NextFlow (M.Bernard, M.Charles, C.Guyomar, S.Maman)

WoodySV – PangenOak : Analyse de variants structuraux par construction de graphespangénomiques (L.Duvaux)

metaWGS : Ajout d’une fonctionnalité de binning (M.Vienne, V.Darbot, J.Mainguy, C.Noirot,G.Pascal, C.Hoede)

VarPipeline : Découverte incrémental de variants (P.Dehais, P.Legoueix)

FROGSFUNC : Intégration de PICRUSt2 pour la prédiction et la quantification fonctionnelle desecosystèmes microbiens (V.Darbot, M.Bernard, G.Pascal)

Benchmark

Test d’outils pour l’affiliation taxonomique des données WMS ou WGS (E.Jausseme, M.Manno,C.Hoede, C.Noirot, J.Mainguy, M.Vienne, C.Kuchly, E.Darnige)

Formations

Formation R avancé : package data.table (P.Terzian, E.Maigné)

Help4MultiQC: rédaction d’un gitbook pour l’aide à l’interprétation des résultats compilés par MultiQCreport (C. Guyomar, C. Hoede, S. Maman, Y. Lippi)

Tutoriels de formation pour FROGS: développement du site web et production de pages detutoriels des outils. (M. Bernard, L. Auer, V. Darbot, G. Pascal)

Infrastructure, Système et Base de données

Acquisition cluster 2022 (MS.Trotard, P.Dehais, D.Laborie)

Remplacement du gestionnaire de ticket OTRS -> Znuny (G.Salin, D.Laborie, MS.Trotard)

Lancement du service SK8 (serveur Shiny) (E.Maigné)

Evolution LIMS NGL (E.Darnige, C.Kuchly, G.Salin, J.Sabban, C.Noirot, R.Therville)

Base de données de fichier de données hétérogènes (P.Bardou, C.Cabau, C.Klopp)

Présentations du CATI à d’autres instances

  • Participation aux séminaires DIPSO de présentation des différents CATIs – hiver 2022
  • Présentation du CATI au département SA : Luc Jouneau devait assister le comité dedirection du département SA dans l’identification de leurs besoins dans le domaine dunumérique mais nous n’avons pas eu de nouvelle de la part de SA sur ce point depuis avril2022
  • Participation de Géraldine à la journée du numérique organisée par la DIPSO le 6septembre 2022 sur le centre de Toulouse.
  • Redaction de deux article pour le journal interne Reg@rd du département GA

Bilan des productions – 2022

 

2021

Afficher/Masquer

Statistiques

Montée en compétences en statistiques sur l’analyse de données scRNASeq
(mise en œuvre des workflows OSCA – https://bioconductor.org/books/release/OSCA/ – et
Seurat). Impliquant initialement Luc Jouneau et Anne Frambourg, un groupe de travail est en
cours de montage sur ce sujet avec des agents de Toulouse (Cédric Cabau, Elise Maigné….).

 Les omiques

Trois publications ont couronné le travail des agents du CATI cette année dans
le domaine du génie logiciel des omiques ou de l’analyses de ces données:

  •  L’outil d’analyse de clone de métagénomique fonctionnelle, Mintia.
  • FROGS v.3 qui offre une solution pour le traitement des données ITS.
  • L’assemblage du chromosome B surnuméraire chez le poisson des cavernes et son
    histoire évolutive – Etude du déterminisme du sexe d’    Astyanax mexicanus

Les pipelines

  • un workflow snakemake pour la détection de différentiel de méthylation sur des
    génomes d’arbres. Impact positif du hackathon interCATI pour la partie snakemake.
    Odile Rogier (Orléans) et Ludovic Duvaux (Bordeaux)
  • metagWGS : workflow d’analyse de données de métagénomique
  • GenomeOrder ; Pipeline Nextflow permettant la production rapide de fichiers de
    visualisation pour l’outil en ligne Dgenie, mais également le scaffolding
    d’assemblages par rapport à une référence ou encore le zoom sur certains
    chromosomes d’intérêt dans différents assemblages
  • Migration de JFlow à NextFlow, dans l’objectif de passer de ng6 à NGL

Galaxy

  • Adaptation des formations FROGS en distanciel
  • Mise en production de la nouvelle version de Galaxy

Issues de l’animation réseau

  • Montage d’un projet autour des omiques du blob – création d’un réseau, écriture
    d’un projet, présentations, retours d’expériences
  • Quatre idées/envies de projets pour 2022:
    • une formation Git de l’initiation à l’expertise
    • un portail de données simulées (+ jeux de données de bonne qualité) pour la mise à l’épreuve de logiciels des omiques
    • les omiques de la tique ou du lombric
    • un portail dédié aux biologistes pour comprendre les sorties du logiciel MultiQC.
  • Hackathon InterCATI 2021:
    • 23 agents sur les 69 participants au hackathon étaient issus de BIOS4Biol
    • Réunions préparatoires, échanges de mails pour l’organisation, établissement du programme (4 ateliers), recherche des animateurs des ateliers.
    • Programme:
      • Atelier 1 : la reproductibilité des workflows
      • Atelier 2 : Textmining
      • Atelier 3 : Django/Vu.JS
      • Atelier 4 : Data science (R/Python)
  • Eco responsabilité du numérique:
    • bilan GES de l’unité Get-Plage et celui de MIAT est en cours
    • présentation du labo 1.5
    • présentation de l’outil pour faire les bilans des GES

Bilan des productions – 2021

 

2020

Afficher/Masquer

Productions de plusieurs workflows

  • collaborations nouvelles entre membres du CATI
  • NextFlow ou Snakemake
  • images Singularity

Dynamique eco-responsabilité du numérique

Hackathons interCATI 2019 en présentiel et 2020 en distanciel et 2021

  • 2019: veilles et formations partagées
  • 2019: outils RDF/sparQL
  • 2019 et 2020: reproductibilité des workflows
  • 2020: R-shiny
  • 2021: en présentiel