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SUMMARY:JACATI 2025 - Toulouse
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SUMMARY:Viso CATI BIOS4Biol - Avril
DESCRIPTION:Bonjour\, \nEn ce jour du 1er Avril\, nous ne parlerons pas de poissons mais de Tenebrio molitor. \n \nEli Selem\, ancien chercheur R&D au sein de la société Ynsect\, nous parlera de la mise en place de la sélection génomique chez Tenebrio molitor. \n  \nIl y en aura pour tous les goûts : \nRSE pour tenter de réponde aux besoins croissants en alimentation protéique \nGénomique \nEt même (encore) un peu d’IA – analyse d’images \n  \nEn espérant vous trouvez nombreux pour ce rendez-vous\, \nLuc
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SUMMARY:Visio BIOS4Biol Mars 2025
DESCRIPTION:Pour la visio mensuelle du mois de Mars\, nous inviterons Jocelyn De Goër De Herve qui nous présentera l’initiative CoLab.IA de mise en commun de ressources matérielles\, logicielles et humaines pour promouvoir l’IA au sein d’INRAE. Il nous présentera également le projet de CATI autour de l’IA que lui et ses collègues comptent proposer pour la prochaine campagne d’homologation. \nCordialement \nLuc Jouneau
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SUMMARY:Visio BIOS4Biol Février 2025
DESCRIPTION:Sur proposition de Christophe Klopp\, nous invitons Jean Keller\, chercheur au Laboratoire de Recherche en Sciences Végétale (CNRS). \nLe sujet de sa présentation sera :\nIntegrative phylogenomics to decipher the genetic bases of mutualistic interactions
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SUMMARY:Visio BIOS4Biol Janvier 2025
DESCRIPTION:Los de nos journées annuelles du CATI 2024\, nous avions invité Nathalie Escaravage mais elle n’a pas pu venir pour cause de grève des transports. Nous avons la chance en ce début d’année de l’inviter à nouveau pour qu’elle nous parler de son travail : « Interactions plantes-pollinisateurs – Coévolution et biodiversité »
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SUMMARY:Visio CATI BIOS4Biol Décembre
DESCRIPTION:Pour notre visio du mois de Décembre\, Gabrielle Agoutin nous parlera du projet « Taxon Marker »
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SUMMARY:Visio CATI Bios4Biol Novembre
DESCRIPTION:Pour notre visio du mois de Novembre\, nous invitons Jonathan Kreplak et Johan Joets qui nous parlerons de leur travaux  :\n« Les données d’annotation fonctionnelle\, gestion et exploitation »
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SUMMARY:Journées annuelles du CATI 2024
DESCRIPTION:Les Journées Annuelles du CATI BIOS4Biol 2024.\nDu lundi 30 septembre au mercredi 2 octobre\, au programme:\nLUNDI – INRAE – Castanet Tolosan\n\n14h30 – 14h40: mots de bienvenue et présentation « évolution du CATI »\n14h40 – 14h55: présentation des nouveaux arrivants : Philippe Ruiz (mobilité)\, Gaetan Givry\, Fabien Graziani (mobilité)\, Sandrine Laguerre.\n15h00 – 15h45: “Analyse pangénomique de génomes microbiens à grande échelle avec PPanGGOLiN” – Jean Mainguy\n\n 	15h45 – 16h25: la bioinfo au LPGP: \n\n« The distribution of CpGs along the TSS reveals conserved patterns across the evolution of metazoan genomes » – Aurélien Brionne\n« Impact des duplications de gènes sur l’évolution phénotypique des poissons » – Jérôme Montfort\n\n\n16h25 – 17h10: Présentation d’Asterics – Elise Maigné (introduction à l’atelier de mercredi)\n\nMARDI – Muséum d’Histoire Naturelle – Toulouse\n\n9h00 : Nathalie Escaravage – ”Interactions plantes-pollinisateurs – Coévolution et biodiversité”\n10h00: Clio Dersarkissian  – ”Les coquilles de mollusques: nouvelles archives génomiques et morphologiques des changements environnementaux du passé”\n11h20 – 12h20 : Brian Aiello  – ”conservation-préparation et évolutions en cours en lien avec la 3D”\n12h20 – 13h45: déjeuner\n14h – 15h30: Henri Cap – visite du muséum « histoire et disciplines du MHNT\, classification binomiale\, concept de l’espèce\, spéciation\, caractères dérivés de la classification phylogénétique du vivant et déambulation dans l’arbre du vivant »\n15h45 – 16h45: Philippe Charlier  – « Comment la paléopathologie permet de reconstituer les maladies du passé et l’équilibre homme/environnement »\n17h-17h30: visite labo taxidermie groupe1 – pause café groupe 2 ou visite libre du muséum\n17h30-18h: visite labo taxidermie  groupe2  – pause café groupe 1 ou visite libre du muséum\n18h15 – 19h45: Escape Game\n20h: cocktail dinatoire au Muséum\n\nMERCREDI – INRAE – Castanet Tolosan\n\n9h-10h30: une image = un projet avec les responsables scientifiques du CATI\n11h00 – 13h : Formation Asterics (un atelier débutant et en atelier expert avec Elise Maigné et Aurélie Mercadier)
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LOCATION:INRAE Castanet Tolosan\, 24 Chem. de Borde Rouge\, Auzeville-Tolosane\, 31320\, France
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SUMMARY:Mini-symposium : L'IA EN SCIENCES DU VIVANT - IMPACT SUR NOS METIERS
DESCRIPTION:Dans le cadre de JOBIM 2024\, le CATI BIOS4Biol organise le jeudi 27 juin 2024 le mini-symposium L’IA en sciences du vivant – impact sur nos métiers \nL’IA et plus particulièrement l’IA générative représente sans conteste un des évènements majeurs qui bouleverse et bouleversera nos métiers. La généralisation de l’accès à une multitude d’outils tels que ChatGPT\, Copilot ou Gemini modifie fondamentalement notre quotidien. Dans de nombreux aspects de nos activités\, allant du développement informatique à l’aide à la rédaction\, en passant par la bibliographie\, ces outils deviennent des assistants incontournables. Cependant\, ces changements ne sont pas exempts de défis. Des considérations éthiques et environnementales\, la transparence des algorithmes\, et la nécessité d’une collaboration étroite entre chercheurs et développeurs sont autant de points essentiels à aborder pour garantir une utilisation responsable et éthique de l’IA en recherche. \nDans ce symposium\, nous proposons deux temps\, un premier qui visera à explorer le fonctionnement des LLM (Large Language Models)\, d’aborder les limites générales des approches de machine learning\, de voir les usages et applications de ces LLMs mais également les risques. Dans un second temps\, nous proposons de faire un focus sur l’utilisation des IA génératives dans le contexte de publication scientifique en exposant des cas de mauvais usages et des pratiques frauduleuses qui polluent la littérature scientifique. \nProgramme : L’IA en sciences du vivant – impact sur nos métiers\n14h : présentation du mini-symposium par les organisateurs. \n14h05 – 14h50 : Vincent Guigue (AgroParisTech Paris-Saclay)\, Professeur en informatique au sein d’AgroParisTech Paris-Saclay. Ses travaux\, centrés sur les architectures d’apprentissage automatique\, se structurent en trois axes : l’analyse de séries temporelles\, depuis sa thèse ; le traitement automatique de la langue naturelle et les tâches d’extraction d’information ; l’apprentissage de profils pour les systèmes de recommandation. Depuis une vingtaine d’années\, le machine learning est un domaine de recherche très dynamique. Mais la rapidité d’évolution des approches ces dix dernières années est stupéfiante : une telle rupture n’a probablement jamais été observée dans l’histoire des sciences. Ces avancées déferlent sur la société dans son ensemble et posent de nombreux défis. La recherche de Vincent Guigue est très appliquée et repose essentiellement sur l’apprentissage de représentation qui permet de décomposer et analyser différents types d’entrées\, tout en imposant des contraintes métiers. \nVincent Guigue présentera : \n\nLe fonctionnement des LLM et les spécificités de chatGPT\nLes limites générales (techniques) des approches de machine learning\nLes usages et applications des LLM et les développements techniques autour des autres IA génératives\nLes risques engendrés\n\n14h50 – 15h05 : questions réponses \n15h05 – 15h50 : Guillaume Cabanac (IRIT\, Université de Toulouse) est professeur d’informatique à l’Université Toulouse III – Paul Sabatier et titulaire d’une chaire de recherche fondamentale de l’Institut universitaire de France (IUF) intitulée «  dépollution de la littérature scientifique ». Ses travaux visent à identifier des publications non fiables par fouille de textes\, notamment au sein du projet ERC Synergy ‘Nanobubbles’ questionnant le processus d’auto-correction de la science. Il développe le ‘Problematic Paper Screener’ qui traque des publications non fiables\, pourtant publiées et souvent vendues par les maisons d’édition de premier plan. Au quotidien\, ses signalements d’articles problématiques\, contenant notamment des expressions torturées\, ont donné lieu à des centaines de rétractations. Sa recherche a été distinguée dans le palmarès “Nature’s 10” présentant « dix personnes qui ont contribué à façonner la science en 2021 » selon la revue Nature. \nGuillaume Cabanac présentera : \n\nDes cas de mésusages de la génération de textes et de données avec ChatGPT dans des articles scientifiques\n\nPublication de données fictives\nUsurpation d’identité d’auteurs\nPhénomène des paper mills.\n\n\nProblematic Paper Screener : un outil pour détecter les publications suspectes\nDes éléments sur les bonnes pratiques\n\n15h50 – 16h05 : questions réponses et mots de clôture \n 
URL:https://bios4biol.toulouse.inrae.fr/event/mini-symposium-lia-en-sciences-du-vivant-impact-sur-nos-metiers/
LOCATION:Université Paul Sabatier – Toulouse\, 118 Rte de Narbonne\, Toulouse\, 31062
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SUMMARY:Visio CATI Bios4Biol Juin : Package DiffSegR
DESCRIPTION:Pour notre visio du mois de Juin\, nous invitons Arnaud Liehrmann  et Guillem Rigaill qui ont récemment publié le package R DiffSegR.\nCet outil permet une analyse différentielle du transcriptome qui ne nécessite pas une définition génomique des bornes de gènes\, exons\, … \nArticle NAR Genomics and Bioinformatics :\nhttps://doi.org/10.1093/nargab/lqad098 \nLien Github :\nhttps://aliehrmann.github.io/DiffSegR/index.html
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SUMMARY:Visio CATI Mai 2024 : TFScope
DESCRIPTION:Laurent Bréhélin nous présentera TFScope. \nUne approche de Machine Learning pour l’analyse des caractéristiques génomiques impliquées dans les préférences de liaison des facteurs de transcription
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SUMMARY:Visio CATI Avril : Démonstration de visualisation de graphes avec cytoscape
DESCRIPTION:Proposition de présentation de Jérémy Tournaire
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SUMMARY:Numérique et sobriété
DESCRIPTION:Le 5 Mars à 14h\, nous recevrons Olivier Ridoux de l’IRISA qui nous parlera de l’impact du numérique sur l’environnement.
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SUMMARY:Ilôts CpG et génomes d’animaux
DESCRIPTION:Aurélien Brionne nous présentera son pipeline Nextflow d’analyse des îlots CpG dans différentes branches de l’évolution phylogénétique.
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SUMMARY:Visio 14 Janvier 2024 :
DESCRIPTION:Présentation par Hugo Chauvet et Christophe Chevalier du synchrotron Soleil \nhttps://www.synchrotron-soleil.fr/fr
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SUMMARY:Visio 12 Décembre 2023 : Développements web
DESCRIPTION:Présentation des différentes applications webs qui ont été récemment développées au sein du CATI\, en se focalisant sur les aspects techniques du développement : Quelles technologies de développement pour quelle(s) raison(s). \nLes participants seront :\n– Céline : Asterics\n– Philippe Bordron : d-genies\n– Philippe Bardou : RumimiR / FishmiR / GEGA\n– Luc : appli scRNA-Seq
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SUMMARY:Visio 7 Novembre 2023 :
DESCRIPTION:Présentation de Géraldine Pascal \nSurmonter les défis de l’affiliation taxonomique dans le séquençage du métabarcoding : tirer parti des longues lectures et de la stratégie d’affiliation à plusieurs bases de données
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SUMMARY:Journées BIOS4Biol 2023
DESCRIPTION:Lundi après midi : \n\nAccueil café 14h – 14h30\n14h30 – 14h40: intro avec présentation CATI (effectifs\, budget depense de l’année\, à venir CATI 4G) 10’\n14h40 – 14h50: Topo nouveaux arrivants : Julien Henry et Gabryelle Agoutin 10’\n14h50 – 15h35 : Laure Luno CNES – suivi balise bateau 30’+15’\n15h35 – 15h50: présentation du principe d’une publication kid frontiers par G. Pascal (idée de sujet pkoi pas basé sur les ateliers de la FDS?) proposition d’un atelier le mercredi sur brainstroming sur la construction d’un papier de ce genre + fouille sur les prérogative de ce genre d’article 15’\n15h50 – 16h10: ChatGPT    présentation par P. Bardou d’une brève exploration des possibilité offerte par chatGPT\, qui a déjà utilisé chatGPT? atelier le mercredi de présentation de ce qui a déjà été fait rapidement dans le cati via chatGPT et exploration des possibilités offertes par ceux qui veulent ? Licence ? 20’\n16h10 – 17h10: Présentation des ateliers Cervin « Fête de la science » 60’ (17h10)\n17h10 – 17h40: Atelier site web  compléter infos manquantes Jéremy (fiches personnelles\, …) 30’\n\nMardi : \n\n9h – 9h30: check point Méteo France (!!! ne pas oublier une pièce d’identité !!!)\n9h30 – 9h50: Sarah Berthet 10+10: Modéliser la biogéochimie marine dans un modèle de climat avec PISCES\n9h50 – 10h50: Pierre Amato 40+20: Bioaérosols: des problématiques aux interfaces disciplinaires – Apports de la bioinformatique et de la météorologie à la compréhension de l’aéromicrobiome\nPause               25\n11h15 – 12h45: Marc Pontaud 1h+30 : la prévision numérique du temps : des fondements à l’IA\nRepas 13h -14h30 (buffet)\nVisite site        15h-17h\n\nIntroduction + centre calcul (Jean-Marc Destruel) – groupe entier\ncentre de prévision – demi-groupe 45’\nparc instrumenté – demi-groupe 45’\n\n\nDîner à la compagnie Française\n\nMercredi matin : salle de conf de MIAT + salle de réunion (réservées par Claire) : \n\n9h-10h: rdv salle de conférence de MIAT – une image = un projet avec resp. scientifiques du CATI\ncafé 30’\n10h30- 11h30 ateliers en parallèle “kid frontiers” ou “ChatGPT”\n11h30 – 12h30 restitution atelier\n13h : repas à la table des merville ou panier pique-nique pour ceux qui doivent partir\n\n 
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SUMMARY:Hackathon Inter-CATI omics 2023
DESCRIPTION:Manque de précision pour l’instant.
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SUMMARY:Visio CATI : DataCenter - Technique de refroidissement par immersion
DESCRIPTION:M. Bergevin de la société Itrium viendra nous parler du concept et de la mise en œuvre du refroidissement par immersion des datacenters. Un site utilisant cette technique est en cours de construction à Jouy-en-Josas.
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SUMMARY:Séminaire CATI 4G
DESCRIPTION:Ce séminaire sera entièrement consacré à la réflexion autour des CATI4G mais aussi à leurs liens au PEPI et à la Pépinière numérique.\nIl s’inscrit dans un processus global de réflexion sur la construction des CATI4G. D’ailleurs il sera précédé d’une enquête qui servira de matrice aux réflexions lors du séminaire.\nCe processus est piloté par la DipSO (Esther Dzalé) et les départements (Michael O’Donohue)\, accompagnés par le groupe d’animation des métiers du numérique.\nLes inscriptions sont ouvertes à tous ceux fortement motivés par ce processus à hauteur de 4 participants par CATI.
URL:https://bios4biol.toulouse.inrae.fr/event/seminaire-cati-4g/
LOCATION:Sète
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SUMMARY:Visio CATI : Microannot et assemblages d'un génome de microsporidie
DESCRIPTION:Jérémy Tournayre ainsi que des collègues du CNRS avec lesquels il collabore\, nous parleront de deux projets : \n\nMicroAnnot : un outil automatisé dédié à l’annotation des séquences microsporidiennes.\n Assemblage d’un génome de microsporidie\n\n 
URL:https://bios4biol.toulouse.inrae.fr/event/visio-cati-microannot-et-assemblages-dun-genome-de-microsporidie/
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SUMMARY:Visio CATI : Michelle Halstead - Analyses Cut&Tag et Cut&Run
DESCRIPTION:Michelle nous expliquera les principes biologiques qui sous-tendent les expérimentations Cut&Tag.\nNous verrons comment les librairies de séquençage sont générées et analysées d’un point de vue bio-informatique et statistiques.
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SUMMARY:Hackathon Inter-CATI omics 2022 — Divi
DESCRIPTION:Centre de Vacances et Colloques Paul Langevin\, CAES du CNRS. 24\, rue du Coin\, 73500 Aussois https://www.caes.cnrs.fr/sejours/centre-paul-langevin-3-2/ Déroulement du hackathon : Arrivée : Le lundi soir 05/12/2022\, (diner sur place). Deux navettes assureront le trajet entre Modane et CAES (Aussois) (30 minutes) : départ de Modane à 17:30 et à 19:00 Ateliers: du 06/12 – 08/12/2022 Travail en atelier à partir du matin du mardi 6/12 à 9:00 au midi du 8/12 (5 demi-journées). Chaque atelier durera les 5 demi-journées. Vous ne pourrez donc participer qu’à 1 seul atelier. Départ: le jeudi 08/12/2022 à midi (panier repas ou déjeuner sur place) Deux navettes assureront le trajet entre CAES et Modane (30 minutes) : départ du centre à 11:20 et à 12:50
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